1 апреля 1999 года приказом ректора Николая Николаевича Карнаухова  в вузе произошли структурные преобразования. На базе трех учебных корпусов и пяти факультетов созданы три института: Технологический институт, Институт транспорта и Институт геологии и геоинформатики. В то время в вузе подготовка велась на 55 кафедрах по 40 специальностям и 10 направлениям.

Директор Института транспорта Тюменского индустриального университета Андрей Медведев поздравляет профессорско-преподавательский состав, всех сотрудников и студентов с памятной датой.

«Профессора, доценты, ассистенты, аспиранты, заведующие лабораториями, учебные мастера, лаборанты, а также студенты! Хочу поблагодарить всех, кто вносит бесценный вклад в открытия и разработки института, за эффективную работу. Только благодаря вашему кропотливому ежедневному труду возможен качественный учебный процесс. Ваш бесценный багаж знаний – залог успешного развития не только Тюменской области, но и всей страны.

За эти годы сохранены и приумножены научно-образовательные традиции. Студенты, приобретая разносторонние знания, становятся профессионалами своего дела, а преподаватели продолжают оттачивать свое мастерство, достигая больших высот и добиваясь безупречных побед. Коллектив Института транспорта — это сплоченная профессиональная и работоспособная команда! Убежден, что ваш опыт, обширные знания и творческий потенциал будут и впредь направлены на развитие вуза.

Крепкого вам здоровья, неисчерпаемого творческого вдохновения, твердости духа и благосостояния»!