16 ноября 1941 г. специальным эшелоном в Тюмень прибыло оборудование и часть коллектива завода, более 250 человек. Москвичи столкнулись в Тюмени с серьезными трудностями: не было ни силового хозяйства, ни водопровода, ни канализации, отсутствовали благоустроенные подъездные пути к предприятию. Осуществлять пуск производственных мощностей приходилось в крайне тяжелых условиях. В тридцатиградусный мороз рабочие рыли котлованы под фундамент, прокладывали линии водопровода и канализации.

Коллектив завода начал выпуск медикаментов с первых дней пребывания в Тюмени. Их изготавливали в чугунных эмалированных кристаллизаторах, вмазанных в кирпичные печи на дровяных топках. Уже к 1 февраля 1942 г. предполагалось изготовить сублимированный йод, соли кофеина, хлористый натрий, а позднее и другие препараты. В первые месяцы 1942 г. продукция тюменцев была направлена на заводы Челябинска, Воронежа, Казани, Хабаровска, Москвы, а также на фабрику эндокринных препаратов в Новосибирск. Труд химиков и фармакологов был настолько важен, что правительство приравняло заводы медицинской промышленности к предприятиям оборонного значения.

С июня 1942 г. завод возглавил опытный организатор и хороший хозяйственник Я. И. Старожицкий. Под его руководством был достигнут ряд успехов. Оценивая положение, сложившееся в то время, генерал-полковник медицинской службы Е. И. Смирнов писал: «Во втором квартале 1942 г. дело с производством медицинского имущества стало резко исправляться. Так, в Тюмени стали выпускать йод и хлорид натрия». В то же время, рабочие предприятия оказали серьезную помощь энергетикам города. В конце 1943 г. сотрудники Тюменской ТЭЦ столкнулись с непредвиденными трудностями. В трубах всех пяти котлов электростанции отложился очень большой слой накипи. Его невозможно было удалить механическим путем. По просьбе директора ТЭЦ химики завода подвергли котлы особой очистке — «кислотной парке». За трое суток котлы электростанции были полностью очищены от накипи и пущены в эксплуатацию. Это спасло все предприятия Тюмени, работающие на нужды фронта, от простоя, так как ТЭЦ в то время была единственным поставщиком электроэнергии в городе.

На протяжении всей Великой Отечественной войны коллектив завода работал образцово и успешно справлялся со всеми заданиями по выпуску медикаментов, столь необходимых на фронте.

В 1948 году Министерство здравоохранения СССР окончательно приняло решение, что завод № 39 остаётся в Тюмени. В это же время он был переименован в «Тюменский химико-фармацевтический завод». В связи с данным решением, была пересмотрена номенклатура продукции, выпускавшейся заводом. Предприятие перестало производить некоторые препараты, более подходящие к специализации других заводов, однако, в значительной степени, ему были увеличены задания по выработке медицинских неорганических солей и ртутных препаратов. Тюменский химико-фармацевтический завод продолжает осуществлять свою деятельность в Тюмени и по сей день.