С первых дней оккупации Крыма Анатолий Косухин активно включился в борьбу с фашистскими захватчиками. Он вместе со своими друзьями организовал молодежное сопротивление под названием СПО (Симферопольская подпольная организация). Одной из задач подпольщиков в то время было дать населению правдивую информацию о состоянии на фронтах. Анатолий сумел собрать коротковолновый одноламповый приемник (макет подобного хранится в музее Истории науки и техники Зауралья), по которому ребята принимали сводки Совинформбюро, затем размножали их как листовки от руки печатными буквами и разбрасывали по городу. Позже в доме, где жил Анатолий Косухин, устроили типографию и уже печатали по 150-300 экземпляров листовок, прокламаций, газету «Вести с Родины».

Члены подпольной организации СПО во главе с Анатолием Косухиным проводили и диверсионную работу, в ходе которой было уничтожено 250 тонн горючего, сожжено 20 машин, взорваны 41 вагон и водокачка на станции Симферополь. Подпольщики не раз срывали отправку молодежи на каторжные работы в фашистскую Германию. В январе 1944 г. вызволили 8 пленных советских офицеров из фашистского госпиталя. В марте 1944 г., незадолго до освобождения Крыма, Анатолий Косухин при совершении диверсионной операции получил сильную контузию и долго находился на излечении.

Анатолий Николаевич Косухин награжден Орденами Ленина, Трудового Красного Знамени, Орденом Великой Отечественной Войны II степени, медалями «За победу над Германией», «За доблестный труд. В ознаменование 100-летия со дня рождения В.И. Ленина». В 1984 году Анатолию Косухину присвоено звание почетного гражданина Симферополя.

Ветераны Тюменского нефтегазового университета, преподаватели, выпускники и нынешние студенты вуза чтят заслуги первого ректора: ежегодно лучшим студентам ТюмГНГУ, добившимся высоких результатов в учебе, вручается премия А. Н. Косухина, его именем назван зал заседаний Ученого Совета вуза, а на здании главного корпуса Нефтегаза размещена мемориальная доска. В Тюмени, в жилом микрорайоне «Восточный-2» между улицами Таллинской и Энергостроителей находится бульвар, который в 2006 г. получил имя Анатолия Косухина.