Они работали параллельно, практически не взаимодействуя друг с другом, но выполняя схожие функции: вели социальную работу по защите интересов преподавателей и студентов, стремились создать оптимальные условия для учёбы и работы, занимались организацией общеуниверситетских мероприятий. Преподаватели и студенты пользовались общими социально-значимыми объектами, среди которых санатории «Сосновый бор» и «Юность», база «Олимпия», центр студенческого питания, спортивный комплекс, медпункты.

Постепенно назрел вопрос  об объединении профсоюзной организации преподавателей и сотрудников со студенческой профсоюзной организацией. В 2005 году идея объединения нашла поддержку в обкоме профсоюзов работников народного образования и науки Тюменской области. В декабре того же года была проведена совместная конференция работников вуза и студентов, на которой утвердили  факт создания организации и положение о ней, приняли название «Объединенная первичная профсоюзная организация ТюмГНГУ» и выбрали членов профкома.

Сегодня в каждом подразделении университета действует профбюро. Самые активные члены профсоюзной организации принимают участие в работе профкома ТИУ.

Численность профсоюзной организации вуза впечатляет — тринадцать тысяч обучающихся и более двух тысяч работников. Профсоюз уверенно стоит на страже прав и интересов своих членов, представляя их в органах управления и комиссиях, работающих в вузе. Между администрацией, с одной стороны, и сотрудниками, преподавателями и студентами, с другой, ежегодно заключается коллективный договор, содержащий большой набор социальных программ и гарантий. Университет неоднократно отмечен как организация высокой социальной эффективности в России.