В 80-х годах в стране началась перестройка во всех сферах жизни. Не обошла она стороной и высшую школу. Закрывались промышленные предприятия, сокращался прием студентов, особенно в технические вузы. Выпускники высших учебных заведений оказывались невостребованными. В это непростое время в 1986 году ректором института был назначен доктор геолого-минералогических наук, профессор Валентин Григорьевич Каналин.

При В. Г. Каналине разрабатывается масштабная программа развития вуза. В её подготовке приняли участие квалифицированные специалисты города и института. Программа нашла поддержку в Министерстве высшего и среднего специального образования РСФСР. Речь шла о строительстве целого учебно-научного и производственного комплекса с многоэтажными застройками, жилыми домами для преподавателей и сотрудников института, студенческими общежитиями, учебными полигонами и т.д.

Кроме того, ректоратом была составлена программа реализации перестройки всего учебного процесса. По факультетам и кафедрам началась разработка сквозных рабочих программ на весь период обучения студентов, за счет объединения учебных предметов сокращалось количество дисциплин. Открывались возможности обучения студентов по индивидуальным рабочим планам. Стали создаваться филиалы кафедр на предприятиях, в объединении «Тюменьавтотранс», в НПО «Тюменьгазтехнология», в инстиутах «ЗапСибНИИгеофизика» и «СибНИНП».

К сожалению, в сложных обстоятельствах перестройки отраслевые предприятия охладели к институту, и приходилось с большим трудом «выбивать» средства на латание хозяйственных дыр. Резко сократилась потребность в кадрах, уменьшилось количество студентов. В то время предприятия-спонсоры отвернулись от института, дабы самим удержаться на плаву. Не было реальной поддержки  со стороны областных органов власти. Не было единства и в самом коллективе.

В 1990 году в вузе состоялись первые альтернативные выборы, на которых был избран новый ректор – Николай Николаевич Карнаухов